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量身定做适合你的影响因子PubMed滤器

向东 吴
关键词:

许多临床和科研工作者在查阅文献时,都倾向于选择一些质量高的文章,引用文章时也想尽量引用高影响因子(IF,impact factor)的文章。这样写出来的文章更有说服力嘛!

 

无奈PubMed这个公共免费的文献检索系统并不是影响因子的老东家,由于版权问题,PubMed并不能自动显示影响因子。这样一来,很多朋友都会觉得PubMed的检索结果筛选起来太吃力了。在对众多杂志不甚了解的情况下,我们很难做出选择。

 

值得庆幸的是,PubMed的开发者一开始就为我们预留了一个利器PubMed Filter,因此下面就详细演示一下,如何量身定制适合您的影响因子PubMed Filter。

 

先前网上也已经有相似主题的帖子发布,故谨在此声明,下述内容为本人摸索的出来的量身定制影响因子PubMed Filter的步骤。整个过程将会在图文并茂详细展示,以便您模仿并为自己量身定做适合自己专业和需求的PubMed Filter。

 

下面演示一下具体步骤,以便让大家知晓方法和相关原理,从而根据自己的专业及爱好为自己量身定做PubMed Filter,有兴趣的读者可以按照下述步骤操作一遍。

 

01

注册PubMed账号

 

因为使用PubMed这个IF滤器筛选文章属于个人偏好设置,所以注册一个PubMed的个人账号是必须的!在此强烈建议大家注册一个Gmail邮箱,有了这个谷歌邮箱,不止是PubMed,国外很多学术网站或者论坛都是畅行无阻的,注册账号或者关联账号(link)都很方便。

 

(1)首先登陆PubMed。点击如下的Sign in to NCBI (图1)。

 

图1 PubMed首页,红色方框标出点击“Sign in to NCBI”可以进入账号注册或者登陆界面

 

(2)进入账号注册或者登录界面后,根绝个人情况选择注册账号(没有谷歌邮箱或者不打算使用谷歌邮箱的请点击Register for an NCBI account),关联谷歌账号或者直接登陆(图2)。

 

图2 红色方框标出点击Google关联谷歌账号,或者点击Register for an NCBI accoun

 

(3)使用其他邮箱注册账号的界面,需要填写用户名,密码,邮箱等信息(图3)。

 

图3 示使用其他邮箱注册账号的界面

 

(4)有谷歌账号或者邮箱的在此界面直接点击Google链接相应的谷歌(图4)。

 

图4 红色方框标出点击Google关联谷歌账号

 

(5)点击链接邮箱后会出现一个跳转页面(图5)。

 

图5 示授权跳转页面

 

(6)谷歌邮箱账号授权页面,请单击“允许”(图6)。

 

图6 示谷歌邮箱账号授权页面

 

(7)谷歌邮箱授权后跳转回PubMed界面(图7)。

 

图7 示谷歌邮箱授权后跳转页面

 

(8)跳转回PubMed界面后再次确认以谷歌邮箱账号登陆,单击“Continue”继续(图8)。

 

图8 红色方框标出点击Continue继续

 

(9)谷歌邮箱授权登陆成功提示(图9)。

 

图9 示登陆成功

 

(10)重新回到PubMed主页,右上角提示个人账号登陆(图10)。

 

图10 PubMed主页右上角示个人账号登陆

 

02

 

制作影响因子滤器

 

(1)登陆个人账号之后,单击My NCBI即可进入个人偏好设置(图11)。

 

图11 红色方框标出单击My NCBI进入设置界面

 

(2)进入My NCBI设置界面后,在此界面我们重点关注Filters的设置(图12)。

 

图12 红色方框标出Filters的设置区域

 

(3)在Filters的设置区域单击Manage Filters »即可进入个人Filter设置或者编辑界面。单击Create custom flter (图13)。

 

图13 红色方框标出单击Create custom filter以进行下一步

 

(4)单击Create custom flter后弹出如下的对话框Add Custom Filter in PubMed (图14)。

 

Add Custom Filter in PubMed

 

图14 红色方框标出单击Create custom filter以进行下一步

 

(5)下一步就是在Add Custom Filter in PubMed编辑框里面编辑或者添加我们所需要的筛选过滤条件了,即所谓的Query terms.这个Query terms可以大家自己编辑,也可以用网上每年热心战友提供的(图15)。

 

图15 示Add Custom Filter in PubMed 编辑框

 

03

 

制作影响因子滤器

 

下面就演示一下怎样自己编辑Query terms以用于制作影响因子滤器。影响因子所需要编辑的检索式是根据每年汤森路透(Thomson Reuters)新发布出来的IF来做的,在这里我们只能用最新版JCR 2015_IF来做了。

 

订购Journal Citation Reports的单位或者读者,可以下载最新版的JCR。如果没有订购,可以从相关订购单位或者网上下载热心网友共享的版本。基本上每个版本都是按照影响因子的大小从高往低排列。

 

每年由汤森路透数据库商统计公布的SCI(Science Citation Index, 简称 SCI )杂志影响因子统计表 , 影响因子由高到低排列(图16)。

 

图16 示部分SCI杂志影响因子统计结果

 

在此我们需要利用EXCEL的筛查功能,根据我们自己所在专业及个人需求来制定。对于很多专业,杂志影响因子从一分到十几分参差不齐,这样呢我们就可以做很多个不同层次的影响因子滤器。比如2<IF<3(PS:1-3分的杂志杂志占据了绝大部分,数量很大,已经超出了PubMed filter所允许的数量), 3<IF<5, 5<IF<10,IF>10之类的很多层次。

 

因此,在使用excel制作的时候,我们可以从EXCEL内任意选出一段自己需要的影响因子,并按照如下的步骤制作成滤器。如果打算制作一套完整的影响因子滤器,我们最好按照从低到高或者从高到低的顺序依次进行。

 

下面的演示步骤就将影响因子滤器的制作从低到高依次进行。

 

(1)Excel文件中我们只需要复制杂志名和相应的IF,其他的项目不必复制或者可以事先删除。结果是从11993个Web of Science收录的SCI杂志中删除了8154个,可见67.99%的SCI期刊影响因子都是小于2的。之后我们直接选中杂志名(图17)。

 

图17 示选中所需影响因子段的相关杂志名

 

(2)复制粘贴到Office或者WPS的Word文档,为什么这样做呢?因为这个牵涉到后面的复制和替换!因此一定要注意粘贴为纯文本!随后利用Word的替换功能把回车符号(^p在特殊符号里寻找或者选择任意特殊符号后修改)替换为”[journal] or ”。单击全部替换(图18)。

 

图18 示利用Word的替换功能把回车符号替换为”[journal] or ”;最下方红色方框示单击“全部替换”。

 

(3)单击“全部替换”后替换成功界面(图19)。

 

 

图19 示单击“全部替换”后替换后成功界面

 

(4)删除文末的多余的 or ”(图20)。

 

图20 红色方框示文末的多余的or”

 

(5)并在文首加一英文半引号(图21)。

 

图21 红色方框示需要一英文半引号的位置

 

(6)将所得到的内容复制到上述PubMed的[Query terms],并取名 2≤IF<3,单击“ Save Filter ”保存检索式(图22)。

 

图22 红色方框依次示复制到上述杂志名至PubMed的「Query terms」位 置,同时命名Filter名字,单击“Save Filter”保存检索式。

 

(7)示单击“ Save Filter ”后保存检索式的过程(图23)。

 

图23 示saving filter

 

(8)保存成功后Your PubMed flter list内显示保存成功的flter(图24)。

 

图24 xxxxx

 

(9)随后便可以到PubMed首页验证是否有效。检索“ cancer ”结果(图25)。

 

图25 示使用2≤IF<3的影响因子滤器过滤后的检索结果

 

(10)之前曾把自己制作的一套影响因子滤器上传至丁香园医学论坛循证医学板块,诸多战友反应5≤IF<10的滤器存在问题,没有激活。本人亦未找到病因,故再次制作同一滤器,验证丁香园里面众多网友所说的存在问题5≤IF<10的滤器,证明问题还是可以解决的(原因可能是滤器制作存在问题)(图26)。

 

图26 示5二十六<10的滤器可以有效过滤出影响因子在5~10之间的杂志

 

(11)当然,并不是所有的都可以一帆风顺,总有些时候,比如网络原因或者电脑原因,单击“ Save Filter ”后保存检索式后提示“ Sorry, an error has occured! Please try again. ”本人曾经也出现过如图所示的情况,有对话框提示检索式保存失败,但是刷新后发现保存成功了!

 

出现这个问题可能是因为检索式过长,尤其是影响因子较低的区间杂志比较多,容易遇到这种情况;在网速慢的时候也容易出现这个报错。可以多试几次保存,或者选择网速较好的网络环境进行自定义滤器的设置(图27)。

 

图27 示保存时可能出现的报错

 

(12)提示保存失败时刷新出现的界面(图28)。

 

图28 示网页提示保存失败时,刷新后可能出现的保存成功的界面

 

(13)保存成功的Filter需要在其前方的方框内打钩方能激活使用(图29)。

 

图29 红色方框示需要在方框内打钩方能激活

 

(14)如图所示,这就是最初凭个人爱好做出来的一套完整的PubMed Filter,在这个界面,可以选择性激活一部分Filter,也可以进行设置或者删除操作。(图30)

 

图30 示PubMed Filter list,可以在此界面对Filter进行操作

 

(15)本人起初制作的是如上图所示的滤器。到后来在众多热心战友的建议下换成了如下图所示的滤器(图31)。

 

图31 示新的Filter模式

 

(16)PubMed Filter的优势在于,当PubMed的黄金搭档the Paper Link for PubMed还在从相关网站抓取数据时,PubMed Filter早已经是筛选出来了你想要的相关区段的杂志(图32)。

 

图32 示PubMed Filter 较 the Paper Link for PubMed存在速度方面的优势

 

(17)每年影响因子更新时,本人都会抽时间编辑滤器,基本上可以满足各个专业、各种水平的战友的要求所需的检索式!并且免叮当下载!网址见丁香园医学论坛循证医学板块:http://ebm.dxy.cn/bbs/topic/30074469  。

 

04

 

还存在的问题

 

上述根据Web of Science数据库发布的影响因子制作的PubMed Filter并不是十全十美的,依旧存在问题。问题的根源在于PubMed和Web of Science是两家不同的数据库,收录的杂志并不完全相同,并且PubMed给出的是杂志名的缩写形式,Web of Science则给出的是杂志的全称。

 

因此根据Web of Science发布的影响因子制作的Filter里面的少数杂志名并不被PubMed所识别。因此理论上Filter过滤出来的结果比理论上少一些。

 

这个问题在相关帖子发布到丁香园循证医学板块之后,很快就被各路高手识别出来。同时,也要感谢一大批诸如hyjforesight,弦之外的战友提出了如下新的方法,并且制作了相应的Filter。

 

ISSN(国际标准连续出版物编号,International Standard Serial Number)是根据国际标准ISO3297制定的连续出版物国际标准编码,其目的是使世界上每一种不同,题名、不同版本的连续出版物都有一个国际性的唯一代码标识。

 

ISSN由设在法国巴黎的国际ISDS中心管理。该编号是以ISSN为前缀,由8位数字组成。8位数字分为前后两段各4位,中间用连接号相连,格式如下: ISSN XXXX-XXXX ,如:Science(print ISSN 0036-8075;online ISSN 1095-9203) ,前7位数字为顺序号,最后一位是校验位。

 

ISSN通常都印在期刊的封面或版权页上。所以我们理所当然地可以用” [ISSN] or ”代替” [journal] or ”来避免漏查。比如hyjforesight 战友一针见血的指出上述方法是对的,但是给的检索式存在极大的问题。

 

主要是因为PubMed对[Journal]的检索采用的是 "期刊缩写 "的方式,比如用"Journal of clinical oncology"[Journal]检索结果为0,必须用"J Clin Oncol"[Journal]才能搜到本杂志的文章。所以,根据[Journal]的检索式制作的Filter搜出来的文献不全!并附上了自己制作的Filter http://ebm.dxy.cn/bbs/thread/31851177。

 

根据测试,在PubMed上用ISSN过滤筛选的方法比直接用杂志名筛选的结果数量更多,相对来说更为准确,因此,后期制作的PubMed Filter将会提供杂志名和ISSN两个版本的滤器。

 

同时,感谢丁香园循证版广大热心战友善于发现的眼睛以及孜孜不倦追求完美的精神。

 

新版的JCR可以通过自定义显示字段,直接下载带有刊名和ISSN号的影响因子表。可以直接利用ISSN号制定自定义滤器,这样可以避免PubMed与SCI的刊名不统一造成的漏检(图33)。

 

图33 示JCR可以通过自定义显示字段下载影响因子列表,用于制作 PubMed Filter

 

由于PubMed与SCI期刊收录范围的不同,导致了使用这种自定义方法时,直接就NOT掉了不是SCI收录的文献,这样也会导致检索结果过少,需要读者酌情使用。

 

排版编辑:张   晗 AME Publishing Company

责任编辑:江苇妍 AME Publishing Company

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