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如何初步处理PubMed检索结果?

Published at: 2015年第1卷第S1期

AME
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编者按:今天想跟大家分享几个PubMed的初步检索结果处理方式。PubMed的初步检索很简单,只需把检索词填入检索框中进行检索即可。

举个例子,若要查“高流量鼻导管吸氧治疗急性呼吸衰竭”的相关文献。检索词应为高流量鼻导管吸氧(high-flow nasal cannulaoxygen)、急性呼吸衰竭(acute respiratory failure),将“high-flow nasal cannula oxygen acute respiratory failure”敲入检索框即可检索出相应文献。

需要注意的是在检索结果的右下角有“search details”对话框,提供的是PubMed特有的词汇自动匹配技术所自动产生的检索式,通过调整此检索式可以进一步调整检索结果。今天主要想说的就是如何处理初步检索结果,姑且称为“PubMed检索结果处理四式”。

 第一式:解读

首先要读得懂。继续沿用上文的例子,请看图1。

图1. 高流量鼻导管吸氧治疗急性呼吸衰竭的简单检索结果

图2. 更改检索结果展示形式页

页面展示形式可以通过“Format”(图2)或“Sort by”(图3)来进行设置。其中“Format”下有:Summary、Summary(text)、Abstract、Abstract(text)、 Medline、XML、PMID List等几个选项。

默认格式为题录格式,即Summary格式。Summary和Summary(text)格式显示:标题、作者、合作者、来源、文献类型(只显示综述)、语种(非英文语种时显示)、无摘要时的标注、评论或更正链接、文献状态、DOI和PMID号等。

Abstract和Abstract(text)格式包括Summary格式,还包括作者机构和地址、摘要、关键词、主题词、人名主题、物质名称等。

Medline格式为全记录格式,以字段标识形式展现。其中“Sort by”排序下有最佳匹配、最新添加、出版日期、第一作者、最后一名作者、期刊名、标题几种排序选项。

图3. 选择检索结果排序依据

第二式:调整

当检索结果显示过多或过少时需要进行调整检索策略。调整的方法包括缩窄检索范围拓宽检索范围

第二式之缩窄检索范围

当检索结果过多时,可进行三种主要的限制检索:

(1)缩窄检索主题的范围

主题词检索时可以选用更加专指的主题词或者限定为主要主题词(mesh major topic)检索,关键词检索时可以采用更加精专覆盖范围更窄的检索词。

例:我们采用“acute kidney injury”进行检索或检索出47205条文献条目,而采用“septic acutekidney injury”进行检索,则检索出1437条。

(2)增加检索条件

续上例:“acute kidney injury”加入干预方式“renal replacement”,检索“acute kidney injury AND renal replacement”则得出3953条文献条目(检索日期2016/9/19)。

(3)采用滤器(Filters)进行筛选,PubMed左侧提供了很多滤器。

例:在“high-ownasal cannula oxygen acute respiratory failure”检索条件下,点击左侧的 “review”则得出8篇综述(图4)。也可以自己设置定义自己的滤器。

图4. 采用左侧PubMed自带的滤器“Review”进行筛选综述

第二式之拓宽检索范围

拓宽检索范围的过程,有点类似上一条缩窄检索范围的逆过程。关键词检索时,无外乎是用外延更广的检索词、减少限制条件、去掉滤器等。主题词检索时,可以用当前检索的主题词的上位词进行检索。此外,PubMed还提供了相似研究这一选项“similararticles”,可供进一步扩展检索结果。

第三式:保存与输出

PubMed提供了很多保存与输出检索结果的方法。主要的保存路径都在 检索结果右上角的“Send to”中,点击“Send to”,可跳出对话框。其中 有选项:File、Collections、Order、Citation manager、Clipboard、E-mail、My Bibliography等。(图5)

图5. “Send to”功能的位置展示

(1)File:将选中的记录以各种文件的形式进行保存。点击File-Create File,保存的文件可以再导入各种软件,比如Endnote、Noteexpress等(图6)。

图6. 保存File的位置

(2)Collections:MyNCBI注册账户可通过选择Collections将检索见过直接发送到My NCBI中。(图7)

图7. 点击“Cllections”后进入的对话框

(3)Order:此选项为通过NLM的LoansomeDoc系统进行文献全文订购传递,需要付费。(图8)

图8. LoansomeDoc系统界面

(4)Citation manager:选择此选项可以直接将选中条目发送至文献管理软件,如Endnote等,这是科研工作者日常比较常用的一个方法。Send to—Citation manager—Create File。(图9)

图9. Create File对话框

(5)Clipboard:一般用临时保存(图10)。

图10. Clipboard选择界面

点击“Clipboard”后,“Clipboard”链接及存储的57个items会出现在页面右上角(图11)。

图11. 右上角可见到Clipboard条目

点击“Clipboard”链接或“57 items”则进入临时保存的Clipboard页面,在此页面可以移出部分文献或者全部文献(图12)。

图12. Clipboard界面

注意,当关闭PubMed及NCBI数据库之后8小时,Clipboard存贮将自动清空;Clipboard最大存储量500条文献条目; Clipboard不会重复纳入同一篇文献;用户的浏览器必须接受采用cookies来应用Clipboard

(6)E-mail:选择此选项可将选中的检索条目发送至指定邮箱,其中格式(Format)、分类方式(Sort by)、数量(Number to send)、起始文献条目(Start from citation)、E-mail地址、项目名(Subject)、备注(Additional text)都是可选的。(图13)

图13. E-mail保存的选择界面

(7)My Bibliography:是My NCBI注册用户的“我的文献”。选择此选项,可将检索条目发送至My Bibliography。

第四式:追踪

(1)Create alert。建立提醒,检索出结果之后,点击检索框下的“Create alert”,建立追踪。

(2)保存到My NCBI进行追踪

(3)建立RSS(Really Simple Syndication,简易信息聚合)。点击搜索框下的 “Create RSS”选择数量,并填入名字(图14)。点击Create RSS后,跳出RSSFeed 对话框。点击XML建立RSS(图15)。此时需要RSS阅读器进行追踪阅读。

除此之外,PubMed也可以采用URL建立书签的形式对某检索结果进行储存和更新追踪

图14. RSS选择界面

图15. RSS选择界面二

以上就是PubMed检索结果处理四式。学会了这四式,就可以对PubMed的检索结果进行初步处理。不过在实际检索过程中,仍要以实用为先,根据检索要求,灵活运用各种功能。


排版编辑:严斯瀛 AME Publishing Company

责任编辑:江苇妍 AME Publishing Company

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