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WCLC 2017|田耕:患者通过下一代测序,肿瘤组织和循环细胞DNA在肺癌中突变的一致性分析

Published at: 2015年第1卷第S1期

田耕
关键词:

编者按:第18届世界肺癌大会将于2017年10月14日-18日在日本横滨召开。深圳市第二人民医院、深圳大学第一附属医院田耕教授团队展示了题为“在肺癌患者中通过二代测序技术进行肿瘤组织与循环肿瘤DNA的一致性分析”的口头报告,请看以下详细介绍。

作者简介

田耕,临床医学博士,硕士生导师,博士后导师。深圳市第二人民医院、深圳大学第一附属医院肿瘤科主任医师。“深圳市细胞生物技术转化医学重点实验室”负责人、“深圳市肿瘤免疫基因治疗工程实验室”副主任。中国研究型医院学会肿瘤学专业委员会常务委员,深圳市抗癌协会生物治疗专业委员会主任委员,广东省医学会细胞治疗分会委员,广州市抗癌协会生物治疗专业委员会副主任委员,广东省抗癌协会黑色素瘤专业委员会副主任委员,深圳市保健科技学会肿瘤专业委员会委员。以第一作者兼通讯作者发表SCI收录论文8篇。多次受邀担任多个SCI杂志审稿人。作为PI主持多项CAR-T、TCR-T细胞免疫治疗临床研究。佐林格外科手术图谱(第九版)副主译。

作者:田耕、谢远才、李小花、刘朝煜、徐飞岳、于丹、涂小年、姚旭梅、贺建奎

背景:作为液态活检的重要组成部分,通过二代测序技术进行循环肿瘤DNA(ctDNA)检测在肺癌等癌症临床诊断和治疗中取得了长足的进步。然而,在ctDNA检测的可行性得到广泛认可之前,应先对肿瘤组织和ctDNA检测中的基因突变的一致性进行评估。由于肺癌研究领域对液体活检的关注度极高,这种一致性分析的紧迫性显得格外突出。

方法:从30例肺部占位性病变患者体内采集10ml术前血样。提取上述患者血浆中的cfDNA,白细胞中的基因组DNA以及实体瘤的基因组DNA并对每份样本进行建库。通过定制探针杂交捕获方法,使用覆盖1654个热点突变的50基因panel进行超深度测序,平均测序深度分别为> 40000x,7000x或6300x。

结果:在我们研究中,等位基因突变频率的检测限为0.1%。基于我们之前对cfDNA基线突变的研究和这些患者的临床病理资料,运用生物信息学专业知识进行循环肿瘤DNA的测序结果分析。在27例肺癌患者中,当标准定义为在血液样本和组织样本中至少发现一个相同的热点突变时,有80%的患者可被预测为阳性。按照上述标准,肺炎和肺结核检出阴性。在本研究中,血液检测到1265个热点突变,其中有949个突变(75%)可以在患者组织中检测到。当评估所有的基因变异时,包括肿瘤组织中存在的高频率变异(panel中的克隆型、驱动基因)以及低频率变异(panel中的亚克隆型、乘客基因)共有583个变异,其中有327个变异(56%)在患者血液和组织中都能检测到。仅在血液中检测到突变(白细胞中的ctDNA和基因组DNA),但未在肿瘤组织中检测到的原因尚不清楚。

结论:我们展示了对肺癌患者的循环肿瘤DNA和组织中的基因组DNA同时进行测序的重要性。根据我们在本项研究中所探讨的标准,我们确定并确认了ctDNA和肿瘤组织的基因变异具有高度的一致性。我们的研究可以初步区分肺癌与其它肺部占位性病变。我们的工作表明了ctDNA检测的高灵敏度和高特异性可提高血液和组织一致性。

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16. WCLC 2017特刊 | 医者张力,阳光踏实的协和人

17. WCLC 2017特刊 | 张贺龙:忠于使命,精于术业

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