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PubMed检索结果处理四式

Published at: 2015年第1卷第S1期

毛智 , 陈硕
关键词:

前面已经讲过了PubMed的初步检索,那么在初步检索获得检索结果之后,应该怎么办呢?下面为大家介绍PubMed检索结果处理的四个重要部分,且称为“四式”。

第壹式:解读

首先要读得懂。仍以《零基础PubMed检索七分钟入门》中的初步检索为例:拟查“高流量鼻导管吸氧治疗急性呼吸衰竭”的相关文献。检索词为高流量鼻导管吸氧(high-flow nasal cannula oxygen)、急性呼吸衰竭(acute respiratory failure),将“high-flow nasal cannula oxygen acute respiratory failure”敲入检索框即可检索出相应文献(图1)


图1. 高流量鼻导管吸氧治疗急性呼吸衰竭的简单检索结果

页面展示形式可以通过“Format”(图2)或“Sort by”(图3)来进行设置。其中“Format”下有:Summary、Summary(text)、Abstract、Abstract(text)、Medline、XML、PMID List等几个选项。默认格式为题录格式,即Summary格式。Summary和Summary(text)格式显示:标题、作者、合作者、来源、文献类型(只显示综述)、语种(非英文语种时显示)、无摘要时的标注、评论或更正链接、文献状态、DOI和PMID号等。Abstract和Abstract(text)格式包括Summary格式,还包括作者机构和地址、摘要、关键词、主题词、人名主题、物质名称等。而Medline格式为全记录格式,以字段标识形式展现。

图2. 更改检索结果展示形式页

图3. 选择检索结果分类依据

第贰式:调整

当检索结果显示过多或过少时需要进行调整,调整的方法包括缩窄检索拓宽检索

一、缩窄检索。

当检索结果过多时,可进行三种主要的限制检索:

1. 缩窄检索主题的范围。主题词检索时可以选择用更加专指的主题词或者限定为主要主题词(mesh major topic)检索, 关键词检索时可以采用更加精专、覆盖范围更窄的检索词。比如我们采用“acute kidney injury”进行检索或检索出47205条文献条目,而采用“septic acute kidney injury”进行检索,则检索出1437条。

2. 增加检索条件。比如为“acute kidney injury”加入干预方式“renal replacement”,检索“acute kidney injury and renal replacement”则得出3953条文献条目。(检索日期2016/9/19)。

3. 采用滤器(Filters)进行筛选,PubMed左侧提供了很多滤器。如在“acute kidney injury”检索条件下,点击左侧的“review”则得出6665篇综述(图4)。也可以自己设置定义自己的滤器。具体见《如何打造PubMed个人专属滤器》


图4. 采用左侧PubMed自带的滤器“Review”进行筛选综述。

二、拓宽检索

拓宽检索的过程,有点类似上一条缩窄检索的反过程,关键词检索时无外乎是用更加普遍的检索词、减少限制条件、去掉滤器等。主题词检索时可以用当前检索的主题词的上位词进行检索。 除此之外呢,PubMed还提供了相似研究这一选项“similar articles”,可供进一步扩展检索结果。

第叁式:保存与输出

PubMed提供了很多保存与输出检索结果的方法。主要的保存路径都在检索结果右上角的“Send to”中,点击“Send to”,可跳出对话框。其中有选项:File、Collections、Order、Citation manager、Clipboard、E-mail、My Bibliography等。(图5)


图5. “Send to”功能的位置展示

1. File:将选中的记录以各种文件的形式进行保存。点击File-Create File,保存的文件可以再导入各种软件,比如Endnote、Noteexpress等。(图6)


图6. 保存File的位置。

2. Collections:My NCBI注册账户可通过选择Collections将检索见过直接发送到My NCBI中。(图7)

图7. 点击“Cllections”后进入的对话框。

3. Order:此选项为通过NLM的LoansomeDoc系统进行文献全文订购传递,需要付费。(图8)


图8. LoansomeDoc系统界面

4. Citation manager:选择此选项可以直接将选中条目发送至文献管理软件,如Endnote等,这是科研工作者日常比较常用的一个方法。Send to—Citation manager—Create File。(图9)


图9. Create File对话框。

5. Clipboard:一般用临时保存。(图10)点击“Clipboard”后,“Clipboard”链接及存储的57个items会出现在页面右上角(图11)。点击“Clipboard”链接或“57 items”则进入临时保存的Clipboard页面,在此页面可以移出部分文献或者全部文献(图12)。注意,当关闭PubMed及NCBI数据库之后8小时,Clipboard存贮将自动清空;Clipboard最大存储量为500条文献条目;Clipboard不会重复纳入同一篇文献;用户的浏览器必须接受采用cookies来应用Clipboard。


图10. Clipboard选择界面。

图11. 右上角可见到Clipboard条目。

图12. Clipboard界面。

6. E-mail:选择此选项可将选中的检索条目发送至指定邮箱,其中格式(Format)、分类方式(Sort by)、数量(Number to send)、起始文献条目(Start from citation)、E-mail地址、项目名(Subject)、备注(Additional text)都是可选的。(图13)

图13. E-mail保存的选择界面。

7. My Bibliography:是My NCBI注册用户的“我的文献”。选择此选项,可将检索条目发送至My Bibliography。

第肆式:追踪

1. Create alert。建立提醒,检索出结果之后,点击检索框下的“Create alert”,建立追踪。

2. 保存到My NCBI进行追踪。

以上两种方式已经在之前文章中进行了介绍《三步追踪PubMed中某领域最新文献》

3. 建立RSS(Really Simple Syndication,简易信息聚合)。点击搜索框下的“Create RSS”选择数量,并填入名字(图14)。点击Create RSS后,跳出RSS Feed对话框。点击XML建立RSS(图15)。此时需要RSS阅读器进行追踪阅读。

图14. RSS选择界面。

图15. RSS选择界面二。

 

除此之外,PubMed也可以采用URL建立书签的形式对某检索结果进行储存和更新追踪。

 

以上就是PubMed检索结果处理四式。学会了这四式,就可以对PubMed的检索结果进行初步处理。不过在实际检索过程中,仍要以实用为先,根据检索要求,灵活运用各种功能。这四式中有很多小的内容还有妙用,后期文章会继续向您介绍。

参考文献:

1. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK3827/#pubmedhelp.Creating_a_URL_to_bookmark_yo

2. 医学文献信息检索(第3版),罗爱静, 于双成, 人民卫生出版社2015年5月

3. 医学文献检索与论文写作(第4版),郭继军. 人民卫生出版社 2014年11月

4. 医学信息搜集与利用(第2版),代涛.人民卫生出版社 2014年5月

相关阅读:

doi: 

10.3978/kysj.2014.1.2179
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