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零基础PubMed检索七分钟入门

Published at: 2015年第1卷第S1期

毛智 , 陈硕
关键词:

第一分钟:PubMed是什么?

答:①PubMed是一种常用的文摘型生物医学文献数据库;②PubMed收录学科范围主要为生物医学与健康,也包括部分的生命科学、行为科学、化学、生物工程等领域;③PubMed由美国国家生物技术中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)、美国国立医学图书馆(National Library Of Medicine,NLM)和美国国家卫生研究院( National Institutes of Health,NIH)提供;④PubMed引文的主要来源为:MEDLINE、生命科学杂志和在线书籍;⑤PubMed的网址为:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/

第二分钟:PubMed为什么成为生物医学工作者最常用的数据库?

答:①文献范围广、收录量大,截止到2015年底,PubMed已经收录了25,000,000篇引文;②免费,一台电脑接上因特网即可检索;③界面友好,操作方便,带有自动检索匹配技术。

第三分钟:PubMed的初始页面是什么意思?

答:

  1. LOGO为NCBI的标识,点击可以进入NCBI主页;

  2. 资源(Resources):可链接进入NCBI的其它数据库;

  3. 使用指南(How to):点击可进入Pubmed的使用指南;

  4. 检索库:默认为“PubMed”,也可选择其它库,比如我们在《如何找到英文期刊的投稿网址?》一文中选择的就是“NLM Catalog”这个库;

  5. 检索框:在其中键入检索词;

  6. 高级检索:适合分步骤的、复杂的检索;

  7. 检索键:输入检索词之后点击该键可执行检索命令;

  8. 注册用户名:注册用户登陆后可显示用户注册名。建议使用PubMed的同学都进行注册;

  9. 退出登录(Sign Out);

  10. 教程与使用指南(Using PubMed):提供了PubMed的快速使用指南、全文库、常见问题、教程等;

  11. PubMed工具(PubMed Tools):提供了PubMed的一些特制检索;

  12. 其它资源:链接的NCBI其它数据库,包括MeSH词库、期刊库、临床试验库等等;

  13. 论坛(PubMed Commons):是PubMed的论坛,读者可对Pubmed中的文献进行评论。


图1. Pubmed的初始页面

 

第四分钟:怎样进行基本检索?

答:

1. 初步检索

PubMed的初步检索很简单,只需把检索词填入检索框中进行检索即可。但是,如果想要提高查全查准率,则需进一步设计检索式或者进行高级检索(Advanced)。举例,若要查高流量鼻导管吸氧治疗急性呼吸衰竭的相关文献。检索词为高流量鼻导管吸氧(high-flow nasal cannula oxygen)、急性呼吸衰竭(acute respiratory failure),将“high-flow nasal cannula oxygen acute respiratory failure”敲入检索框即可检索出相应文献(图2)。需要注意的是在检索结果的右下角有search details对话框,提供的是PubMed特有的词汇自动匹配技术所自动产生的检索式,通过调整此检索式可以进步调整检索结果(具体会在后续文章中介绍)。


图2. 高流量鼻导管吸氧治疗急性呼吸衰竭的简单检索结果

 

2. 作者检索

PubMed中作者检索的常用规则有两种检索方法:1.用作者全名进行检索;2.用作者lastname(姓)+名字的首字母。仍以Zhi-De Hu为例,进行这两种检索,得出图3。姓名的 检索结果可能会有所出入,因为存在着重名的情况。针对重名情况,学术界已经开始逐渐采用作者ID,目前Web of Science正在做。


图3.姓名检索。A.全名检索,B.姓+名缩写检索。

3. 杂志名检索

以Annals of Translational Medicine(ATM)检索为例。最简单的方法是将杂志名“Annals of Translational Medicine”贴入检索框直接进行检索,然而此时得出的自动匹配检索式是:"Ann Transl Med"[Journal] OR "annals of translational medicine"[All Fields]。在这个检索式中包含两部分,第一部分"Ann Transl Med"[Journal]是ATM杂志名缩写的检索,第二部分:"annals of translational medicine"[All Fields]是该杂志名全拼在所有域中的检索。

此时若想准确限制检索杂志名,可以在Search details栏中将第二部分"annals of translational medicine"[All Fields]删掉再进行检索,或者在Advanced检索中限制检索字段为[Journal]。

第五分钟: 运算符号

常用的布尔逻辑符为AND、OR、NOT。AND代表得到的检索结果符合所有的检索条件,OR表示检索出的检索结果至少符合一条检索条件,NOT表示得到的检索结果排除了符合某一部分的检索条件的文献集。


图4.图示布尔逻辑符。

 

第六分钟:文章页面的解读(图5)

图5.文献界面解读

 

第七分钟:扩展——我将走向何处?

初学者知道了前面的内容,基本可以进行初步检索了。然而,PubMed博大精深,很多深入的功能需要进一步挖掘。读者可自行尝试检索。

我们前期已经给大家介绍了:如何利用PubMed查找英文期刊投稿网址、如何追踪PubMed中某领域最新文献、如何打造PubMed专属滤器、如何搞定PubMed文献全文、如何进行临床查询、如何区分PubMed、PMC、Medline等问题……后期我们会更深入介绍MESH检索词、高级检索以及在科研中更加实用的应用技巧,请继续关注。

 

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doi: 

10.3978/kysj.2014.1.2153
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