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AME PubMed实用技巧|医生好帮手——PubMed Clinical Queries(临床查询)

Published at: 2015年第1卷第S1期

毛智 , 陈硕
关键词:

临床查询(clinical queries)是PubMed专门为临床医生和临床试验人员设计的检索工具。一般来讲PubMed检索出的整体结果是未经分类的,临床人员需要自行阅读分类,或者使用filter(滤器)再自行筛选。而临床查询的目的是使临床医生对整体结果的研究类型进行分类这个过程尽量自动化而准确。临床医生可通过临床查询更简便快捷的找到针对性临床文献(图1)。


图1. 临床查询在PubMed主页上的入口

临床查询通过PubMed内嵌的滤器将检索结果大体限定为三个栏目:临床研究分类(Clinical Study Categories)、系统评价(Systematic Reviews)和医学遗传学(Medical Genetics)。其中每个栏目还能进一步优化分类和限制检索结果的宽窄。(图2)


图2. 临床查询的界面

最左侧是临床研究分类(Clinical Study Categories)栏目,该栏目下的分类有五个选项,分别为病因(Etiology)、诊断(Diagnosis)、治疗(Therapy)、预后(prognosis)和临床预测指南(Clinical prediction guides)。还有范围(Scope)选项可选择宽(Broad)或窄(Narrow)。宽代表着敏感度高、特异度低,也就是偏重于查全、牺牲查准;相反,窄代表着特异度高,敏感度低,也就是偏重于查准,牺牲查全。此部分分类的滤器(filters)来源于加拿大麦克马斯特大学Haynes等的研究(PMID: 20671080)(表1)。

表1. 临床查询中研究类型的滤器细节以及敏感度特异度

分类

优化方向

敏感度/ 特异度

检索滤器解析

治疗

敏感度/宽

99%/70%

((clinical[Title/Abstract] AND trial[Title/Abstract]) OR clinical trials as topic[MeSH Terms] OR clinical trial[Publication Type] OR random*[Title/Abstract] OR random allocation[MeSH Terms] OR therapeutic use[MeSH Subheading])

特异度/窄

93%/97%

(randomized controlled trial[Publication Type] OR (randomized[Title/Abstract] AND controlled[Title/Abstract] AND trial[Title/Abstract]))

诊断

敏感度/宽

98%/74%

(sensitiv*[Title/Abstract] OR sensitivity and specificity[MeSH Terms] OR diagnose[Title/Abstract] OR diagnosed[Title/Abstract] OR diagnoses[Title/Abstract] OR diagnosing[Title/Abstract] OR diagnosis[Title/Abstract] OR diagnostic[Title/Abstract] OR diagnosis[MeSH:noexp] OR diagnostic * [MeSH:noexp] OR diagnosis,differential[MeSH:noexp] OR diagnosis[Subheading:noexp])

特异度/窄

64%/98%

(specificity[Title/Abstract])

病因

敏感度/宽

93%/63%

(risk*[Title/Abstract] OR risk*[MeSH:noexp] OR risk *[MeSH:noexp] OR cohort studies[MeSH Terms] OR group[Text Word] OR groups[Text Word] OR grouped [Text Word])

特异度/窄

51%/95%

((relative[Title/Abstract] AND risk*[Title/Abstract]) OR (relative risk[Text Word]) OR risks[Text Word] OR cohort studies[MeSH:noexp] OR (cohort[Title/Abstract] AND study[Title/Abstract]) OR (cohort[Title/Abstract] AND studies[Title/Abstract]))

预后

敏感度/宽

90%/80%

(incidence[MeSH:noexp] OR mortality[MeSH Terms] OR follow up studies[MeSH:noexp] OR prognos*[Text Word] OR predict*[Text Word] OR course*[Text Word])

特异度/窄

52%/94%

(prognos*[Title/Abstract] OR (first[Title/Abstract] AND episode[Title/Abstract]) OR cohort[Title/Abstract])

临床预测指南

敏感度/宽

96%/79%

(predict*[tiab] OR predictive value of tests[mh] OR score[tiab] OR scores[tiab] OR scoring system[tiab] OR scoring systems[tiab] OR observ*[tiab] OR observer variation[mh])

特异度/窄

54%/99%

(validation[tiab] OR validate[tiab])

 

第二个栏目是系统评价(Systematic reviews),该系统评价滤器与PubMed主页检索时左侧filter栏里article type中的系统评价限制滤器是一样的。由于较长,本文不予列出(https://www.nlm.nih.gov/bsd/pubmed_subsets/sysreviews_strategy.html)。

 

第三个栏目是医学遗传学(Meical Genetics),下面有分有7个主题分类:诊断(Diagnosis)、分类诊断(Differential Diagnosis)、临床描述(Clinical Description)、处理(Managment)、基因咨询(Genetic Counseling)。

 

表2. 医学遗传学检索滤器解析

分类

PubMed滤器解析

Diagnosis

(Diagnosis AND Genetics)

Differential Diagnosis

(Differential Diagnosis[MeSH] OR Differential Diagnosis[Text Word] AND Genetics)

ClinicalDescription

(Natural History OR Mortality OR Phenotype OR Prevalence OR Penetrance AND Genetics)

Management

(therapy[Subheading] OR treatment[Text Word] OR treatment outcome OR investigational therapies AND Genetics)

Genetic Counseling

(Genetic Counseling OR Inheritance pattern AND genetics)

Molecular Genetics

(Medical Genetics OR genotype OR genetics[Subheading] AND genetics)

Genetic Testing

(DNA Mutational Analysis OR Laboratory techniques and procedures OR Genetic Markers OR diagnosis OR testing OR test OR screening OR mutagenicity tests OR genetic techniques OR molecular diagnostic techniques AND genetics)

All

((Diagnosis AND genetics) OR (Differential Diagnosis[MeSH] OR Differential Diagnosis[Text Word] AND genetics) OR (Natural History OR Mortality OR Phenotype OR Prevalence OR Penetrance AND genetics) OR (therapy[Subheading] OR treatment[Text Word] OR treatment outcome OR investigational therapies AND genetics) OR (Genetic Counseling OR Inheritance pattern AND genetics) OR (Medical Genetics OR genotype OR genetics[Subheading] AND genetics) OR (DNA Mutational Analysis OR Laboratory techniques and procedures OR Genetic Markers OR diagnosis OR testing OR test OR screening OR mutagenicity tests OR genetic techniques OR molecular diagnostic techniques AND genetics))

 

我们以“rhabdomyolysis” (横纹肌溶解)为检索词在临床查询中检索,结果可见,在采用宽范围时可检索到治疗类临床研究3529篇,本页展示5篇;可检索系统评价136篇,本页展示五篇;医学遗传学文章533篇,本页展示五篇。(图3)

图3. 临床查询中的横纹肌溶解检索结果

 

临床查询通过定制好的检索式和交互界面,可以在一定程度上提高工作效率。临床查询通过综合使用主题词、关键词和字段限定检索,保证了查全和查准率。已经定制好的三个栏目的检索策略,是随着学科的发展和PubMed数据库的更新不断更新的,比如系统综述的检索策略是2016年2月更新的(见 https://www.nlm.nih.gov/bsd/pubmed_subsets/sysreviews_strategy.html)。

但是需要说明的是对于临床查询已经定制的内容不能灵活的修改,仅能检索定制的三个栏目内容。如果需要检索其他研究方向的内容,可以参考临床查询中已经制定好的三个检索式的思路,制定自己的检索策略或者结合My Ncbi的自定义滤器功能定制常用的、适合自己的滤器。(请参考阅读:如何打造PubMed个人专属滤器?

临床查询不仅提供了三个检索栏目,更是一个制定检索策略的示例。通过分析这三个栏目的检索式,我们可以学习到如何科学、高效的制定PubMed检索策略。

参考文献:

  1. National Center for Biotechnology Information (US) . NCBI Help Manual [Internet]. Bethesda (MD): National Center for Biotechnology Information (US); 2005-.Available from: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK3831/

  2. Qual Saf Health Care. 2010 Dec;19(6):e31. doi: 10.1136/qshc.2010.042432. Epub 2010 Jul 29. Optimal search filters for detecting quality improvement studies in Medline. Wilczynski NL1, Haynes RB; QI Hedges Team.

 

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doi: 10.3978/kysj.2014.1.1957

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